Vestlige vinder dominerer ved Bouvetøya, men vindstyrken er ikke spesielt høy. Årsgjennomsnittstemperaturen ved havnivået ligger rundt -1ºC, med et månedsgjennomsnitt på rundt 1ºC i januar og -3ºC i september. Bouvetøyas begrensede vegetasjon domineres av mose og lav, med forekomster av sopp og alger. Det finnes store kolonier med antarktispelssel på øya, samt et langt mindre antall elefantsel. Tolv fuglearter hekker på øya.

Sterk økning i pelsselkolonien, men stabilsering de senere årene

Pelsselkolonien i overvåkningsområdet i Nyrøysa økte fra 7900 individer til hele 65 000 individer mellom 1990 og 1997. Etter dette synes bestanden å ha stabilisert seg, trolig på grunn av mangel på tilgang til egnet areal.

Nedgang i pingvinkoloniene, men stabilisering etter 2000

I samme periode var det en betydelig nedgang i bestandene i pingvinkoloniene. Spesielt ringpingvinen er utsatt. I 1990 ble det registrert henholdsvis 2700 og 5900 ring- og gulltopp-pingvin. I 1997 var antallet redusert til 422 og 4700. Også her synes det å være mindre endringer etter 2000.

Endringene i pingvinbestandene kan sannsynligvis ses i sammenheng med den store økningen i pelsselbestanden, det vil si ved at pelsselen har overtatt pingvinenes territorium. Pelsselbestanden i hele Antarktis er i vekst, og bestanden synes å ha kommet seg etter det ble slutt med fangst på denne arten.

Antarktisk pelssel (Arctocephalus gazella) koloni på Bouvetøya. Foto: Bjørn Krafft, Norsk Polarinstitutt

Flere av rødlisteartene som omfattes av ACAP-avtalen (Agreement on the Conservation of Antarctic Petrels) finnes i området rundt Bouvetøya. Bare en av dem, kjempestormfugl (Macronectes geganteus) har vært registrert hekkende på øya.

Bouvetøya og tilliggende territorialfarvann ble fredet som naturreservat i 1972. All aktivitet og ferdsel på øya er derfor strengt regulert. Forskriften forbyr blant annet tekniske inngrep og inneholder bestemmelser om blant annet vern av flora og fauna, håndtering av avfall og ferdsel.

Det er også fastsatt egen ferdselregulering for Nyrøysa-området, der CCAMLR-overvåkingen finner sted. I dette området skal direkte menneskelig påvirkning unngås, for å få best mulig overvåkningsresultater.